顺应潮流:仅血浆ctDNA-MRD检测的领域前景!

2022-02-21 02:06:20 来源:
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"底物被纳入MRD扫描的发展潜力是明确的,希望这些进展将继续提升更进一步MRD扫描的耐用连续性。"

乳癌的MRD扫描是一种灵敏且特异的使用系统对乳癌很高血压血液里源连续性遗传物质(如ctDNA)相对为数的方法有。在这种状态下,很高血压没有双筒可见的拢核,但确实假定标准针灸影像方法有没有扫描到但再次会导致乳癌入院的也就是说拢核。

MRD,常专指也就是说存留拢核(Minimal Residual Disease)。使用“Minimal” (也就是说)这个词,是因为它在古文献和针灸专家里来得都用。不过,“Minimal”这个词或许带有“误导连续性”,因为低水准的病变在生存部将和放射治疗管理者方面也或许带有重要意义。“Measurable”(可计算)一词可来得直观地刻画存留在病人精子的肝细胞的假定。NCCN须知同时使用了“Minimal Residual Disease”(也就是说存留拢核)和“Measurable Residual Disease”(可计算存留拢核)两个术语。

此外,可行连续性数据分析方法表明在原子水准上扫描多种乳癌多种类型的ctDNA或多或少带有针灸效用,古文献和针灸专家有时也会使用“Molecular Residual Disease”(原子存留拢核)一词。

近几年来,国内外在实体里基于ctDNA的MRD指标(ctDNA-MRD)的针灸数据和证据来得为多,开启了实体突起MRD扫描的热潮。实体突起ctDNA-MRD扫描的高效率流派主要有两大类:

1)Tumor-informed assays(知情分析方法)

对原发其组织顺利完成脱氧核糖核酸以鉴定很高血压的特异DNA序列变异图谱,然后设计双链功能强大panel或使用互换panel顺利完成个连续性化的ctDNA扫描分析方法。

2)Tumor-uninformed assays(不知情分析方法)

也可以专指Tumor-agnostic assays或Tumor-naïve assays,即不必原发其组织,仅有也就是说一组自行选定双链/探针设计的与乳癌多种类型系统连续性的互换panel顺利完成ctDNA扫描分析方法,平常扫描ctDNA等位DNA的同时,辅以ctDNA底物或片段组专修等均会专修方法有。弥补了其组织样本缺乏或系统对位点缺乏或TAT可避免等问题。

Tumor-informed assays的高效率策略来得符合许多人的认知,在保证很高底物的在此之必要条件下,可通过系统对多位点的sample-level(样本水准)进一步提升其增益,高效率上限相对来说不是尤其很高。Tumor-uninformed assays的高效率策略来得类似于早筛,通过提升site-level(位点水准)扫描增益并辅以ctDNA底物或片段组专修并混合机器专修习算法进一步提升其增益和底物,高效率上限相对来说很高。

2021年4年底29日,《Clinical Cancer Research》Skype发表了“仅有使用肝脏ctDNA扫描拢直肠癌很高血压也就是说存留拢核(MRD)”的篇名,首次公开了Guardant Reveal的数据分析方法数据:MRD扫描增益达到91%,底物达100%,这些注意到支持了仅有肝脏ctDNA-MRD扫描(Tumor-uninformed assays)的潜在针灸广泛应用。

2021年8年底13日,《Clinical Cancer Research》Skype发表了“顺应潮流:仅有肝脏ctDNA-MRD扫描的广泛应用在此之前景”的篇名,在这里数据分析方法者们讨论指标了仅有肝脏ctDNA扫描MRD的能力也,以及将底物拆分到ctDNA扫描的潜在好处。2

Parikh及其助手1 和Taieb及其助手3 讨论了仅有肝脏ctDNA-MRD扫描在拢直肠癌(CRC)很高血压里的潜在针灸广泛应用。

▲ ctDNA底物和等位DNA在两项数据分析方法里的广泛应用比较(Parikh和Taieb)

拢直肠癌(CRC)的放射治疗仍然遭遇着一个挑战,即相当多的CRC很高血压因里期病症入院而以致于死亡。尽管针灸转用了标准的常规放射治疗,但长期连续性IIIC期CRC很高血压的5年生存部将也仅有有53%,话虽如此是没有注意到影像专修上未扫描到的也就是说存留拢核(MRD)。4

目在此之前,仍迫切必须直观确定哪些很高血压术后假定MRD,以帮助指导工作减小或上升常规放射治疗,并上升治愈的或许连续性,同时借以地减小不必要放射治疗的系统连续性毒素。

在过去的几年里,我们对ctDNA在CRC病因和生存部将里的广泛应用有了广泛的了解。目在此之前,基于ctDNA的MRD指标自始广泛广泛应使用乳癌的放射治疗里。

ctDNA是由DNA的短片段组成(大约130-150bp),由肝细胞通过介导、坏死或分泌释放到循环系统里。 ctDNA的半衰期较短致使其被选为敏感的实时负荷圣万,它的假定或许反映了影像专修上看不见的微转移。

在治愈连续性放射治疗终拢后,ctDNA里出现的卵子等位DNA对随后的影像专修入院带有很高的非典型预测价值,尤其是当这些等位DNA与缝合的其组织里的等位DNA相匹配时。扫描这种ctDNA下定义的MRD可以在I-III期CRC里提在此之前影像专修数年底预测入院,从而为一组再次会入院的CRC很高血压提供者一个指标新疗法的过道。然而,这些ctDNA经济体制等位DNA下定义的MRD扫描方法有的增益仍然是能用的,迫切必须改进其扫描耐用连续性。

ctDNA的底物扫描很低ctDNA的经济体制等位DNA扫描。ctDNA的底物诱发在CRC里非常常见,并被视为大多数增生的里期阶段。这种底物,具体下定义为DNA里胞嘧啶的C5位置去掉苯基基团,适度附近DNA的表达,之外经典的抑癌DNA失活。与经济体制等位DNA比起,CRC里假定来得多的底物诱发区域,为提升MRD扫描的增益提供者了机会。SEPT9,就是第一个利用血液扫描单DNA底物诱发顺利完成筛查和里期扫描CRC的方法有。尽管ctDNA底物有这些实用连续性,但这些不尽相同的功能连续性也必须谨慎,以保有扫描分析方法的底物,并避免出现假非典型的或许连续性。

在这种背景下,Parikh和Taieb的这两项除此以外数据分析方法拢果为我们对ctDNA耐用连续性的解释提供者了精确的补充,即不必原发其组织,仅有通过血液ctDNA底物或联合ctDNA等位DNA即可顺利完成直观的MRD指标。与其他必须对原发其组织顺利完成脱氧核糖核酸以指导工作后续ctDNA分析方法的扫描不同,这两项数据分析方法探讨了Tumor-uninformed assays的确实,它有几个绝对优势,之外来得快的TAT,降低初始费用,对其组织缺乏或不能用的很高血压顺利完成系统对。

Parikh等人提供者了一种ctDNA底物混合ctDNA经济体制等位DNA的互换panel顺利完成MRD的分析方法指标(NGS方法有),与其他赢利上能用的MRD扫描方法有比起,这种方法有不必须缝合的其组织以及功能强大化。在再次放射治疗后使用时,这种仅有肝脏ctDNA-MRD扫描对入院带有针灸意义的底物(100%)和增益(55.6%),通过拆分表型DNA序列形态和侧向系统对分析方法,其增益可进一步提升至91%。1 该方法有被使用自始在顺利完成的在此之革命连续性数据分析方法,之外指导工作IIA期拢肠癌放射治疗管理者的NRG合作组数据分析方法(NCT04068103)。虽然还必须额外的数据集来验证这些注意到,但这些拢果显然基于ctDNA的MRD扫描在不知情的但会可拒绝接受的扫描耐用连续性形态。

Taieb等人的数据分析方法利用了一对先在此之前被证明是CRC缝合后生存部将系统连续性的底物DNA标记物WIF1和NPY(ddPCR方法有),并将它们广泛应使用PRODIGE-GERCOR IDEA-France测试,将III期CRC很高血压随机分作3个年底 vs 6个年底的常规化疗。在对受邀III期测试的III期CRC很高血压顺利完成的首次ctDNA-MRD指标里,有13.8%的很高血压术后为ctDNA-MRD非典型,并被确认为独立的生存部将圣万。3 同时,数据分析方法者也指出,与其他转用NGS方法有的ctDNA-MRD数据分析方法比起,本数据分析方法里ctDNA的非典型部将较少。增益和PPV或多或少低于NGS扫描拢果,ctDNA-MRD非典型和阴连续性的5年DFS分作65%和73%,尽管常规放射治疗的和不理想的在此之前分析方法样本处理才会对这些拢果转化成影响。该方法有比如说的是其相对简单,非常低的费用和潜在的重现连续性,不必须赢利扫描里所见的专利扫描方法有。自始在顺利完成的在此之革命连续性数据分析方法将进一步指标仅有肝脏ctDNA扫描是否能够直观指标MRD,以便对CRC很高血压顺利完成风险分层,并指导工作常规放射治疗管理者。

无论转用何种方法有,仅精确肝脏ctDNA-MRD扫描来指导工作CRC很高血压的放射治疗再次,必须合理且直观的扫描方法有。需进一步提升仅有肝脏ctDNA-MRD扫描的增益来确定哪些很高血压可以从放射治疗降回里获益,以避免不恰当地选择很高危很高血压拒绝接受较少强度的放射治疗。Parikh及其助手的数据分析方法拢果表明,拆分DNA序列和表型DNA序列以及侧向肝脏系统对,可显著提升仅有肝脏ctDNA-MRD的增益。比起之下,ctDNA-MRD扫描的很高底物对于ctDNA作为一个完整的生物圣万来确定放射治疗升级是至关重要的。由于底物缺乏,假非典型的ctDNA-MRD才会使很高血压拒绝接受不必要的强化放射治疗。Parikh及其助手的数据分析方法拢果证明,除经济体制等位DNA外,还可以通过混合表型DNA序列底物形态的分析方法来保有底物。Taieb等人的分析方法方法有的绝对优势在于提升了针灸形态的增益和生存部将,但是,自始如数据分析方法者承认的那样,单独的两个DNA底物标记或许没有提供者与混合经济体制等位DNA方法有的耐用连续性形态。重要的是,这项岗位也强调了标准化分析方法在此之前条件的重要连续性,因为各种提取方法有可以在很大程度上影响ctDNA的得部将和完整连续性。在未来的数据分析方法里,这些分析方法在此之前的考虑将变得来得为重要。

底物被纳入MRD扫描的发展潜力是明确的,希望这些进展将继续提升更进一步MRD扫描的耐用连续性。总之,仅有肝脏ctDNA-MRD的扫描提供者了一个独特的机会,使用一种无创方法有来探索放射治疗计划,并有或许根除很高危很高血压的微转移连续性拢核。这些数据分析方法拢果无疑为未来ctDNA-MRD指导工作的在此之革命连续性针灸测试铺平了交通设施。

MRD,仍然是一个来得快发展的领域,我们预计近两年才会出现新的证据,要么说明了出MRD扫描的针灸效用的局限连续性,要么说明了出MRD扫描的其他绝对优势和新用途。

参考资料:

1.Parikh Aparna R,Van Seventer Emily E,Siregna Giulia et al. Minimal Residual Disease Detection using a Plasma-Only Circulating Tumor DNA Assay in Colorectal Cancer Patients.[J] .Clin Cancer Res, 2021, undefined: undefined.

2.Bent A, Kopetz S. Going with the Flow: The Promise of Plasma-Only Circulating Tumor DNA Assays. Clin Cancer Res. 2021 Oct 15;27(20):5449-5451.

3.Taieb Julien,Taly Valerie,Henriques Julie et al. Prognostic value and relation with adjuvant treatment duration of ctDNA in stage III colon cancer: a post-hoc ysis of the PRODIGE-GERCOR IDEA-France trial.[J] .Clin Cancer Res, 2021, undefined: undefined.

4.Benson Al B,Venook Alan P,Cederquist Lynette et al. Colon Cancer, Version 1.2017, NCCN Clinical Practice Guidelines in Oncology.[J] .J Natl Compr Canc Netw, 2017, 15: 370-398.

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